مؤسسه آموزش عالی مطهر در سال 1385 به عنوان مؤسسه آموزش عالی غیردولتی– غیر انتقاعی با کسب مجوز از وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری فعالیت خود را با پذیرش دانشجو در رشته های مدیریت صنعتی کاربردی و محیط زیست در مقطع کاردانی آغاز نمود. هیئت مؤسس را جمعی از استادان دانشگاه فردوسی مشهد تشکیل می دهند که با تجارب مدیریت اجرایی در دانشگاه، صنعت و بینش علمی و آموزشی در مسیر پیشبرد اهداف آموزش عالی کشور گام بر می دارند.

هدف این مؤسسه، بسترسازی محیطی علمی و پویا برای علاقه مندان کسب دانش همراه با ارائه خدمات آموزشی نوین و عملی مورد نیاز در فضای رقابتی کار برای دانش پژوهان است.

مؤسسه در حال حاضر، پس از سه نوبت پذیرش دانشجو، دارای چهار رشته کارشناسی ناپیوسته (مهندسی تکنولوژی نرم افزار کامپیوتر، مهندسی آلودگی محیط زیست، مدیریت بازرگانی و مدیریت صنعتی) و دو رشته در مقطع کاردانی (تکنولوژی محیط زیست و مدیریت صنعتی) می باشد.

فضای آموزشی مؤسسه شامل دو ساختمان (شماره ۱ و ۲) با حدود 1800 مترمربع مساحت و 700 مترمربع زيربنا، همراه با كلاسهای درس مجهز به ویدئو پروژکتور و آزمايشگاه های فیزیک و هواشناسی، شیمی عمومی، شیمی آلی، میکروبیولوژی، میکروب شناسی، روش های سنجش آب و فاضلاب، گیاه شناسی، جانورشناسی، خاک شناسی و کارگاه های آشنایی با عکس های هوایی و نقشه برداری است. مؤسسه همچنين دارای سايت کامپيوتر، سلف سرويس با گنجايش 80 نفر بطور همزمان، واحد انتشارات و فروشگاه بوده و خدمات اينترنت را در محل سایت کامپیوتری خود به دانشجويان ارائه مي دهد.